Химическое программное обеспечение

Химическое программное обеспечение — компьютерные программы, используемые в области химии.


Молекулярные редакторы[ | ]

Kalzium 2.4 в Edubuntu 12.04

Для работы с химическими документами в большинстве случаев невозможно использовать только текстовые или графические редакторы общего назначения. Редактирование текстов, содержащих химическую информацию, требует использования специализированных программных инструментов.

Общий подход к созданию интерфейса химических редакторов заключается в том, что химические формулы собираются по принципу конструктора из структурных элементов (ароматические кольца, символы химической связи, стрелки и т.п.). Формула и отдельные её фрагменты могут быть модифицированы (вставка необходимых символов, изменение размера или ориентации на плоскости).

Как правило, химические редакторы снабжаются комплектами заготовок сложных формул и рисунков(шаблонов), наиболее часто употребляемых в работе (аминокислоты, пептиды, углеводы, стереоизомеры, нуклеотиды, лабораторное оборудование). Многие снабжены модулями по именованию соединений в соответствии с номенклатурой.

Химические редакторы позволяют выполнять следующие функции:

  • создавать на экране химические структурные формулы, схемы реакций, лабораторные установки;
  • конструировать объемные молекулярные модели и выполнять манипуляции с ними (увеличение или уменьшение моделей, вращение и перемещение их и т.д.);
  • рассчитывать энергетические и пространственные параметры системы (распределение электронной плотности, энергию и длину связей, валентные углы и т.п.);
  • рассчитывать энергию молекулы в стационарном и возбужденных состояниях на основе классической механической модели осциллирующих атомов;
  • рассчитывать другие молекулярные характеристики и вероятность пути прохождения химических реакций.
Представители молекулярных редакторов:
Программа ОС Лицензия
ChemDraw Windows, Mac OS Собственническое
ACD/ChemSketch[1] Windows(64-bit) Собственническое
XDrawChem[2] Кроссплатформенный GPL
BKchem[3] Кроссплатформенный GPL
JChemPaint Кроссплатформенный LGPL
Jmol Кроссплатформенный LGPL
Avogadro GPL

Библиотеки[ | ]

The Chemistry Development Kit — Java-библиотека для биохимической информатики, химической информатики и компьютерной химии. Служит основой многих других проектов, таких как JChemPaint, Jmol, SENECA и NMRShiftDB.[4]

Литература[ | ]

Примечания[ | ]

  1. Chemical Structure Drawing Software | ACD/ChemSketch. www.acdlabs.com. Дата обращения: 5 февраля 2021.
  2. XDrawChem (англ.). SourceForge. Дата обращения: 5 февраля 2021.
  3. BKChem. bkchem.zirael.org. Дата обращения: 5 февраля 2021.
  4. The Chemistry Development Kit (англ.). SourceForge. Дата обращения: 5 февраля 2021.